O vzniku japonských ostrovů i jeho osídlení jsou stále dohady. První obyvatelé přišli do Japonska zřejmě ze Sachalinu, Sibiře, Číny a Koreje, kdy bylo ještě Japonsko součástí pevniny. Stáří nalezených primitivních nástrojů se odhaduje na 40000 let. Kolem roku 8000 př.n.l. zde byla kultura sběračů a lovců - džómon, výrobců jedné z nejstarších keramik na světě. Kolem roku 4000 př.n.l. se z Koreje rozšířilo pěstování rýže a vzniklo zde původní náboženství - šintó. Historie současného Japonska začíná kolem roku 300 n.l. sjednocením státu rodem Jamato, jehož příslušníci se považovali za přímé potomky bohyně Amaterasu.

Historickým zlomem byl příchod buddhismu z Číny přes Koreu v 6. století., který přinesl do země čínské znakové písmo a zákony. Buddhismus byl přes svoje klady zdrojem rozbrojů a vzniku rolnických válečníků - samurajů. V 8. století císař opustil hlavní město - Naru a přesídlil do Kjóta, které bylo sídlem moci (kromě let vojenské vlády v letech 1185 až 1333 v Kamakuře) až do roku 1868, kdy získalo status hlavního města Tokyo. Do 20. století byl dalším historickým zlomem v 16. století příchod Portugalců, kteří s sebou přinesli palné zbraně a křesťanství.

Na přelomu 19. a 20. století se Japonsko snažilo o rozvoj průmyslové výroby. To bylo znesnadněno rusko-japonskou válkou v letech 1904 až 1905, krachem na burze v roce 1929, čínsko-japonským konfliktem s válkou od roku 1937. Po uzavření kohoutku s ropou Američany zaůtočili Japonci v roce 1941 na Pearl Harbour. Historii japonských kamikaze, svržení atomových bomb v srpnu 1945 na Hirošimu a Nagasaki a následnou kapitulaci Japonska zná snad každý.

Poučení z katasrofálních výsledků 2. světové války vyústilo k vyloučení komunistů ze státní správy a zaměření se na ekonomický rozvoj. Po válce USA pomohlo zničenému Japonsku. Mnoho finančních prostředků bylo věnováno na vědu a výzkum a Japonci považovali za svoji největší povinnost (i podle šintoismu) práci. Z Japonska se stala jedna z nejbohatších zemí na světě, která nemá ve světě konkurenci v mnoha průmyslových odvětvích.

Po zhroucení japonského akciového trhu v roce 1989 se Japonsko muselo vzdát prioritního vývozu některých výrobků a nastala hospodářská recese. To ale nesnižuje význam Japonska ve světě v mnoha směrech.